Les espèces visées par la Directive "Habitats-Faune-Flore" sont dites "espèces d'intérêt communautaire".
Elles figurent dans les annexes de la Directive et peuvent justifier la désignation d'un site Natura 2000 pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
- l'espèce est "en danger",
- l'espèce est "vulnérable", c'est-à-dire que son passage dans la catégorie des espèces "en danger" est jugé probable dans un avenir proche en cas de persistance des facteurs qui sont cause de la menace,
- l'espèce est "rare", c'est-à-dire que ses populations sont de petite taille et qui, bien qu'elles ne soient pas actuellement en danger ou vulnérables, risquent de le devenir,
- l'espèce est "endémique", c'est-à-dire qu'elle est présente uniquement sur un territoire bien particulier et en général, restreint. Ces espèces requièrent une attention particulière en raison de la spécificité de leur habitat.
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L'objectif à terme de Natura 2000 est de maintenir ou de restaurer le BON ETAT de CONSERVATION des espèces et des Habitats qui ont justifié la désignation du site.
Cet ETAT de CONSERVATION des espèces est considéré comme "BON" ou "FAVORABLE" lorsque :
- l'espèce est présente et continuera d'être présente sur le long terme sur les milieux naturels auxquels elle apppartient,
et
- l'aire de répartition naturelle de l'espèce ne diminue ni ne risque de diminuer dans un avenir prévisible,
et
- il existe et il continuera probablement d'exister un habitat suffisamment étendu pour que ses populations se maintiennent à long terme.